В МГМСУ им. А.И. Евдокимова успешно реализуется многоуровневая система образования: среднее профессиональное образование, бакалавриат, специалитет, подготовка кадров высшей квалификации по программам ординатуры, аспирантуры и докторантуры.
Основные профессиональные образовательные программы реализуются на лечебном, стоматологическом, экономическом факультетах, факультетах клинической психологии, социальной работы, среднего профессионального образования.
Факультет педагогического образования в высшей школе и факультет дополнительного профессионального образования предоставляют возможность слушателям пройти профессиональную переподготовку, расширить круг своих профессиональных навыков и умений.
Кроме того, в Университете функционирует подготовительное отделение и Учебный военный центр.
Образовательный процесс в Университете проводится на 114 кафедрах.
Кафедры, как учебные подразделения, разрабатывают рабочие программы дисциплин с учетом развития новых, современных направлений медицины, обеспечения потребностей практического здравоохранения.
Сотрудники кафедр активно привлекают обучающихся к научно-исследовательской деятельности по профилю подготовки специалистов. Ежегодно проводятся научно-практические конференции.
Структура учебных подразделений, материальная база, кадровый состав преподавателей позволяют обеспечить высокий уровень подготовки обучающихся.